产品描述


与其他格式一起工作
除了Gamess-US, Gaussian 和ADF文件,Chemcraft可以读取NWChem、Jaguar、Oraca、Dalton、GAMESE-UK、Turbomole、MMOPRO和QChem输出文件、HyperChem文件、MSI或PDB格式的文件(这些格式未被全面支持)和MolDraw and Priroda程序格式、NBO格式(.31-.40文件)、Molden文件、MFJ、SDF和Tinker、Crystal文件、VASP和Shellx文件、晶体学CIF文件和简单的文本文件与原子的Cartesian坐标。Chemcraft提供了一个通过剪贴板导入/导出文本格式的原子坐标的接口,这有助于使用任何类型的计算数据。将原子坐标导出到剪贴板中对于快速创建输入文件也是有用的。Chemcraft包含一个分数坐标转换的功能,用于晶体学测量和Cartesian,反之亦然,用于单元参数(a,b,c等)。
Chencraft支持一组用于构造分子结构的工具,这些工具可用于准备计算或其他目的的初始猜测:
Ÿ 从标准分子片段(自由基等)中构建分子,提供了通过自定义剪贴板来补充该片段集并通过剪贴板复制/粘贴单个片段的可能性;
Ÿ 修改分子中的任何几何参数(距离、角度、二面角)。该修饰可以伴随着一个原子、两个原子或选定的原子群的位移;
Ÿ 用鼠标在分子图像上拖曳原子或碎片或旋转碎片的可能性(图5);
Ÿ 应用任意几何参数集合的迭代算法(图6);
Ÿ 一种易于使用的实用程序,用于将点群应用于分子(图8)。

5. “拖曳”原子或沿键旋转碎片的例子
当“拖动”原子或执行其他结构修改时,任何几何参数都可以控制在图像上(见图5)。Chemcraft的界面允许人们轻松地改变任何原子的类型或插入/移除一个键。Chemcraft提供了快速获取Z矩阵的实用工具。Z矩阵是通过点击分子中的原子并*一些附加信息来建立的(图7)。在使用这个工具之前,首先应该在Cartesian坐标中获得分子的结构。所有用于构建分子的上述工具都可用于此目的。
Chemcraft从NMR计算(GIAO,CSGT)的Gaussian日志文件中读取各向同性屏蔽值。提供了一种简单的工具,用于将它们重新描述成化学位移和在*原子组内的平均值。


Chemcraft对于ADF用户
Chemcraft读取ADF输出文件、ASCII TAPE21文件和ASCII TAPE41文件。目前,ADF输出文件的可视化不如GAMESS或Gaussian文件的可视化那样全面:提供了能量的提取、偶较矩的可视化和一些原子性质,但没有分子轨道可视化等。


与其他格式一起工作
除了Gamess-US, Gaussian 和ADF文件,Chemcraft可以读取NWChem、Jaguar、Oraca、Dalton、GAMESE-UK、Turbomole、MMOPRO和QChem输出文件、HyperChem文件、MSI或PDB格式的文件(这些格式未被全面支持)和MolDraw and Priroda程序格式、NBO格式(.31-.40文件)、Molden文件、MFJ、SDF和Tinker、Crystal文件、VASP和Shellx文件、晶体学CIF文件和简单的文本文件与原子的Cartesian坐标。Chemcraft提供了一个通过剪贴板导入/导出文本格式的原子坐标的接口,这有助于使用任何类型的计算数据。将原子坐标导出到剪贴板中对于快速创建输入文件也是有用的。Chemcraft包含一个分数坐标转换的功能,用于晶体学测量和Cartesian,反之亦然,用于单元参数(a,b,c等)。
创建动画效果
Chemcraft的Windows版本可以保存多个位图文件或动画GIF文件形式的分子动画图片。下面的动画类型提供:分子旋转的动画、振动频率和PES扫描的动画。
chemcraft软件代理
Chemcraft包含一组便于**化计算的图形工具。它提供了方便的实用程序,有助于准备新的工作来计算和分析计算结果。其主要功能是对**化学包生成的输出文件的可视化。主要支持的软件包是Gamess(美国版本和PCGamess)和Gaussian94-09。
Chemcraft对于Gamess用户
Chemcraft给Gamess-US输出文件提供了非常详细的可视化。文件中的下列数据可以以图形方式呈现:
原子坐标(对应于所有或对称一的原子,如果在文件中呈现对应的表);
如果文件中给出了键阶分析,文件中的结合物显示在图像上(否则通过距离算法计算结合物);
能量梯度可以以指针的形式显示(图2);
不同的原子属性可以以标签的形式显示:Mulliken种群和电荷、自旋密度、价态;
键序(以标签的形式显示在结合物上);
分子轨道可视为等值面或彩色平面;
振动模式可以动画或以指针的形式(位移矢量)显示;
偶较矩可视为指针;
MO能量可以以数字形式显示。
Chemcraft可以调节分子中的原子坐标以应用特定的对称性(图8)。这个工具在研究中非常有用,因为对称分子比非对称分子计算得更快。


分子结构合并
Chemcraft支持一组用于构造分子结构的工具,这些工具可用于准备计算或其他目的的初始猜测。


在使用该实用程序之前,应该选择几个原子以较大程度地彼此靠近(图9这些原子标记为白色)。除了这个特性,Chemcraft还可以计算两个分子之间的均方根差值。


分子绘制的可能性
Chemcraft生成高质量的32位分子图像。它被设计成一个用于创建发布就绪图像的程序,不需要任何额外的修改。图片可以很*地在原子/键和附加对象,如标签和线条。Chemcraft包含一个标准显示方案的集合。每个方案代表一组定义分子外观的参数:照明参数、单个原子和键的颜色和大小等。图10说明了四种集合方案。Chemcraft允许用户更改单个方案的参数,或者将自己的方案添加到集合中。Chemcraft的图形引擎不需要任何图形加速或额外的图形库。被很好的优化并提供,并提供高渲染速度,即使在过时的电脑。
Chemcraft提供了输出文件以结构化的形式呈现。被读取的文件被分成单独的元素,例如单独的几何形状或振动模式。对于每个元素,从文件中提取所有可用数据:原子坐标、能量梯度等。所有元素都呈现在分层列表中(图1)。单击列表中的元素自动显示图像上的单独几何或模式,并允许显示不同的属性。该接口提供了计算数据的可靠可视化,包括非标准类型的计算、不完整的计算等。它还允许具有多个计算任务的复杂文件被可视化。对于能量扫描或IRC计算,通过扫描/IRC步骤将所有几何结构分成组。除了图形的数据表示之外,Chemcraft概述了输出文件的较基本部分,并为文件的每个元素显示了一个简短的“摘要”。


Chemcraft从Gamess-US输出文件中提取分子轨道系数和基组信息,以等密度面的形式呈现分子轨道或由密度值着色的表面(平面、球体)(参加图3)。Chemcraft提供用轨道执行操作的一些可能性(例如将一个轨道乘以另一个轨道)。创建轨道的公式取自GAMESS-US分发的PLTROB程序的源代码。用密度值计算立方体能被很好地优化。注意,如果文件中有多个分子轨道系数表,Chemcraft可以提取它们中的每一个并允许它们被渲染(例如,在MCSCF计算中,可以显示规范或自然轨道)。除了轨道的可视化,Chemcraft还提供了一个简单实用的工具,用于自动确定原子轨道形成每个分子轨道,这对分析轨道很有用。
chemcraft软件代理
Chemcraft是什么
ChemCraft是与**化学软件一起使用的图形用户界面程序,用于显示化学数据和准备计算任务。它主要作为Gamess(US)和Gaussian的图形用户界面而开发。
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http://awen20.b2b168.com

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